داستان «پدینگتون» داستان پذیرش تفاوت‌ها است. داستان خرسی که از جنگل‌های پرو به لندن می‌آید تا زندگی جدیدی را آغاز کند. در شلوغی ایستگاه مترو مادری او را می‌بیند و عاطفه‌اش درگیر می‌شود. انگار خرس قصه‌ی ما یکی از فرزندانش است. او نام ایستگاه مترو را برایش انتخاب می‌کند پدینگتون.

چون پلیس پدینگتون را تحویل نمی‌گیرد او پیش خانواده‌ی براون می‌رود. پدر خانواده که منطقی فکر می‌کند پدینگتون را از لحاظ احساسی نمی‌پذیرد و او را مانند خطری برای خانواده‌اش می‌بیند. پدینگتون حیوان است اما بسیار رفتارهای انسانی از خود نشان می‌دهد. او با همه‌ی اعضای خانواده به‌تدریج ارتباط می‌گیرد. به همه کمک می‌کند. درون آدم‌ها را می‌بیند. احساس‌شان، نیازشان و تنهایی‌شان.

در قسمت دوم فیلم او می‌خواهد برای تولد عمه‌اش که در خانه‌ی سالمندانی در پرو است هدیه بخرد. کتاب عتیقه‌ای پیدا می‌کند که حاوی تصاویر برجسته‌‌ی لندن است. بنابراین پدینگتون برای پرداخت قیمت بالای کتاب شروع به کارکردن می‌کند. شغل او شستن شیشه‌ها است. شیشه‌‌ی خانه‌ها، مغازه‌ها و ماشین‌ها.

همه‌جا تمیز و درخشان می‌شود. با پاک‌کردن شیشه‌های خانه‌ی سرهنگ، او روزنامه‌فروش محله‌ را ببیند و عاشقش شود. بعد از آنکه پدینگتون مقداری پول جمع می‌کند ناگهان کتاب دزدیده می‌شود. چون او در صحنه‌ی جرم است اشتباهن به زندان می‌رود.

ابتدای ورودش به زندان در قسمت رختشویخانه مشغول به کار می‌شود. در اثر اشتباهی همه‌ی لباسهای زندانیان به رنگ صورتی‌ درمی‌آید شبیه فلامینگو. بعد به کیفیت بد غذا اعتراض می‌کند اما یک ساندویچ مارمالاد اوضاع را تغییر می‌دهد. قرار می‌شود فردا صبح پدینگتون بهمراه آشپز برای زندانیان ساندویچ مارمالاد پرتقال آماده کند.

کم‌کم زندانیان هم غذاهایی را که بلدند با یکدیگر درست می‌کنند. فضای زندان دگرگون می‌شود. مانند یک رستوران باکلاس. زندان‌بان‌‌ها شبهنگام برای زندانیان قصه می‌خوانند. پس از مدتی چند نفر در زندان به او پیشنهاد فرار می‌دهند تا بتواند بی‌گناهیش را اثبات کند. او همراه آن‌ها بوسیله‌ی بالن فرار می‌‌کند و پیش خانواده‌ی براون برمی‌گردد.

در طی یک تعقیب و گریز جذاب «بین دو قطار در حال حرکت» آن‌ها دزد اصلی را پیدا می‌کنند و پدینگتون آزاد می‌شود. خانواده‌ی براون و تمام مردم محله، عمه‌ی پدینگتون را بعنوان هدیه تولدش به لندن می‌آورند.

پدینگتون همواره بدنبال خوبی در آدم‌هاست و آن‌ پیدا می‌کند. او به ما نشان می‌دهد همیشه «تفاوت‌ داشتن» بد نیست. شاید عجیب باشد و برای پذیرفته‌شدن، نیازمند زمان اما می‌تواند فرصت هم باشد. او از دل طبیعت به زندگی شهری می‌آید با دیدگاهی بکر درباره‌ی «طبیعت آدم‌ها».

پدینگتون دست‌های بزرگ آشپز را مناسب آب‌گیری پرتقال‌ها می‌بیند. زندان را به رستورانی مجلل تبدیل می‌کند و زندان‌بان‌ها را به قصه‌گو‌های شبانه. او از هر چیز، چیز دیگری می‌سازد.

بعد از دیدن این فیلم دوست‌داشتم من هم نگاهی شبیه او داشته باشم مهربان و خلاق. از خودم می‌پرسم: چطور می‌توانم درون آدم‌ها را ببینم؟ خلاق باشم؟ چگونه می‌توانم اکنون و اینجا «من» برای «جهان» ارزش‌آفرین باشم؟